中医性医学是一门相对独立的临床学科。从学术上判断一门临床医学是否发展成熟成为一门相对独立的学科，一般看它是否有自己相对独立的学科基础理论，二是看它是否有其相对独立的临床病种。中医性医学作为相对独立的一门临床医学学科，以人类性与生殖及其性关系为研究对象，有中医自己独特的基础医学理论，临床中有相对独立的病种和独特的诊治疾病的方法，所以从这样一个学术标准说，中医性医学是一门相对独立的临床医学。
中医性医学与西医性医学相比有着自己的学科特点与优势。有人提出，性医学是一个独立的学科，但是中医性医学与西医性医学的医学目的和研究对象都是一致的，那么中医性医学为什么要独立于西医性医学成为中国性学中的一个独立的学科呢？
中医性医学不同于西医性医学，它有自己的独特的基础医学理论；它以阴阳五行学说为核心，以中医的基本理论认知和研究人类的性与生殖及两性的关系变化；它以辨证论治为基本的医学方法诊治性医学的疾病；它以传统的中医中药为基本手段治疗性医学的疾病；此外，中医性医学与西医性医学相比，中医房室养生学、中医性药学等更是中医性医学特有的内容。
中国性学与世界性医学相比，中医性医学是中国性学的特色与优势，坚持发展中医性医学，才能更好的突出中国性学的特点，才能更好地发展中国性学，才能更好地进行国际间的性医学的学术交流。