《流沙坠简》按简牍的内容和性质进行分类，析为三大类：第一大类是小学术数方技书，涉及《苍颉》、《急就》、《力牧》、《历谱》、《算术》、《阴阳》、《占术》、《相马经》、《兽医方》等多种典籍。第二大类是屯戍丛残，其下又按内容分为簿书，烽燧，戍役，廪给，器物，杂事等六项。第三类是简牍遗文，汇集各式书信。第一，三类由罗振玉完成，第二类是王国维撰作。此外，王国维选《补遗》，考释斯坦因于尼雅河下游所获晋初文书；又补《附录》?录、考日本大谷探险队橘瑞超于罗布淖尔北所获前凉西域长史李柏书稿，另据斯坦因《塞林提亚??中亚和中国西域考古记》绘制敦煌鄣燧分布图，并将各燧编号及其汉诗名称、所出木简列为一表。本书所录包含了两汉至魏晋间的木质、帛质及纸质文书，其中两汉文书多木质，少量帛质，魏晋所出则木质、纸质并存。